Сначала нужно проверить соответствие количества номенклатуры в документе и указанных марок. Если все совпадает, проверим в тексте выгруженного файла , сформированного 1с , все ли марки были выгружены ( в документе это кнопка "ЕГАИС-Получить текст XML") .Смотрим , что указано в тегах ХМL " " для каждой строки номенклатуры. Возможно, что в марках при сканировании оказались недопустимые символы, которые не позволили выгрузить эту марку в текст XML.